Příběh začíná v nedaleké minulosti, kdy se za doprovodu průvodce Von Croye, šestnáctiletá Lara učí techniky a prozkoumává oblast v Kambodži. Bohužel při té příležitosti a společným nalezení artefaktu, který chce Van Croy i přes výtky mladičké archeoložky získat , končí vše tragicky a Lara se s pasti, jen díky své obratnosti a šikovnosti, dostává na poslední chvíli... tím však příběh nekončí a po nějaké době již odrostlejší Lara Croft pokračuje v bádání po artefaktech a při té příležitosti navštěvuje Egypt.
Na počátku tohoto příběhu, odehrávajícího se převážně v zapomenutých Egyptských zákoutích, získává Lara z hrobky Egyptského boha Anubise amulet, o kterém se později dovídá, že mněl dlouhodobě ochraňovat svět před zlem a probudí zlo, které má zničit svět.
Jedinou možnou ochranou, proti tomuto zlu, se stává probuzení dalšího z Egyptských bohů Horuse, který má opět zničit veškerou hrozbu a jako jediná dostupná volba, zničit Anubise , který pro svět přináší věčnou hrozbu.
Lara musí během svého dalšího dobrodružství nalézt artefakty , které pomohou probudit Horuse a to v patřičném období správné konstelace hvězd.
Zda se toto archeoložce povede , zda Horus zničí Anubise, jestli Lara stihne vše v pravý čas, se dovíte během dlouhého putování několika nemálo levely ,prošpikovány předrenderovanými filmy a rozličnými herními animacemi , které vyjasňují další situace a průběh celistvého příběhu ...